La Garde côtière canadienne et le Service hydrographique du Canada font tous deux partie du ministère des Pêches et Océans du Canada.
Ces deux organismes travaillent en proche collaboration dans afin d'assurer la sécurité de la navigation. Alors que la Garde côtière est responsable d'assurer la diffusion et la publication d'information concernant la sécurité de la navigation au moyen d'avis à la navigation radiodiffusés et écrits, le Service hydrographique est responsable du maintien à jour, de la publication et de la distribution des cartes marines, des instructions nautiques et des autres publications relatives à la sécurité de la navigation et à l'état de l'ensemble des plans d'eau.
Un autre domaine où la Garde côtière canadienne et le Service hydrographique du Canada collaborent grandement est celui du maintien des profondeurs d'eau et de la gestion d'information sur les profondeurs d'eau dans les chenaux commerciaux. En effet, la division Gestion des voies navigables de la Garde côtière est responsable de la conception des chenaux commerciaux, du maintien des profondeurs spécifiées et de la gestion, de la diffusion et de la publication des données sur la profondeur des chenaux commerciaux. Le Service hydrographique collabore avec la Garde côtière en effectuant les activités de sondage et de levée bathymétrique permettant la gestion de l'état du chenal et des profondeurs.
Dans cet optique, il existe un échange continuel d'information entre la Garde côtière canadienne et le Service hydrographique du Canada dans l'objectif commun d'assurer la sécurité de la navigation.