La Garde côtière canadienne et Transports Canada - Secteur Maritime, et, plus particulièrement, la Direction de l'exploiation et programmes environnementaux travaillent en étroite collaboration afin d'assurer la sécurité de la navigation et la protection de l'environnement maritime.
Alors que Transports Canada travaille à réglementer, promouvoir et appliquer les pratiques maritimes sécuritaires et durables, la Garde côtière assure le mouvement sécuritaire des navires, l'entretien et le balisage des chenaux de navigation ainsi que la diffusion et la publication aux navigateurs, de renseignements relatifs à la sécurité de la navigation.
Les collaborations les plus fréquentes se font avec le Programme de protection des eaux navigables dans le domaine de la diffusion et de la publication des avis à la navigation, le programme de Protection de l'environnement dans le domaine de la prévention de la pollution, et le Bureau de la sécurité nautique dans le domaine de l'assurance de la sécurité des petites embarquations.